cluster.IIR           package:unknown                R Documentation

Clculo do ndice de Importncia Relativa (IIR total e IIR%) das presas; anlise de agrupamento para a dieta de peixes por uma varivel categrica (local, poca ou classe de tamanho).  

Description:

A funo calcula o ndice de Importncia Relativa das presas na dieta de uma espcie de peixe, a partir de ocorrncia, nmero e massa. Gera uma matriz de distncia, um cluster e um dendrograma, considerando o IIR% e os nveis da varivel categrica. Testa diferenas na composio das presas por nvel da varivel categrica.
 
Usage:

cluster.IIR <- function(presas, x="euclidean", y="average")

Arguments:

presas: data.frame com quatro colunas, com os seguintes nomes e ordem: 
1 coluna: O% (Frequncia de Ocorrncia das presas),
2 coluna: N% (Frequncia Numrica das presas),
3 coluna: M% (Frequncia Gravimtrica das presas),
4 coluna: Categoria (Varivel categrica e seus nveis: diferentes locais de coleta, ou pocas de coleta ou classes de tamanhos dos peixes).

x: ndice utilizado para a elaborao da matriz de distncia no objeto dist. O default da funo  a distncia euclidiana. 

y: mtodo de agrupamento utilizado para a construo do cluster. O default da funo  o mtodo average (mtodo aglomerativo UPGMA). 

Details:

Os nomes e ordem das colunas no objeto de entrada da funo (data.frame) devem ser mantidos.

Para mais informaes sobre clculos das frequncias de ocorrncia,
numrica e gravimtrica das presas, consultar Hyslop (1980) e Pinkas et al.(1971).

Em x, outros ndices podem ser utilizados para a confeco da matriz de distncia, desde que respeitadas suas premissas. Consultar no tpico See Also abaixo.

Em y, outros mtodos de agrupamento podem ser utilizados, de acordo com os objetivos e o tipo de matriz de distncia. Consultar no tpico See Also abaixo.


Value:

A funo calcula o ndice de Importncia Relativa das presas na dieta de um peixe. A partir da ocorrncia, nmero e massa, o IIR balanceia valores de exemplares grandes e menos numerosos, com os menores e mais numerosos.  
So gerados valores de IIR total e IIR% das presas nos diferentes nveis da varivel categrica. 
Para isso, a funo fornece como objetos de sada:
1) data.frame que integra os dados originais e os calculados pela funo. A tabela ser salva como Tabela Alimentao.txt no diretrio de trabalho.
2) grfico do tipo dendrograma, salvo como Dendrograma1.jpg no diretrio de trabalho, para a identificao de possveis grupos de acordo com os nveis da varivel categrica.
3) lista com:
comp1: data.frame que integra os dados originais e os calculados pela funo. 
comp2: matriz de distncia calculada pelo ndice indicado e com base nos valores do IIR% das presas. 
  
comp3: cluster gerado atravs da matriz de distncia e agrupado pelo mtodo indicado.

comp4: resultado do teste de normalidade de Shapiro para o IIR total em cada nvel da varivel categrica. 

comp5: sumrio do teste de ANOVA, realizado com base nos valores de IIR total. 
     
Warning:

A funo considera apenas uma varivel categrica e seus diferentes nveis (diferentes locais de coleta, ou diferentes pocas de coleta, ou diferentes classes de tamanhos). 

No sero enviadas mensagens de advertncia caso as premissas para o teste de ANOVA no sejam cumpridas. O teste de ANOVA ser executado independentemente do resultado do teste de Shapiro. 
Para a varivel categrica que apresente apenas 2 nveis, um teste t-student deve ser executado alm da funo.

Note:

A confeco da matriz de distncia e do cluster requerem a instalao dos pacotes stats e vegan.


Author(s):

Marinella C. J. Pucci (mpucci@usp.br)
    

References:

Hyslop, E.J. 1980. Stomach contents analysis  a Review of methods and their application. J. Fish. Biol., 17: 411-429.

Pinkas, L.; Olephant, M.S. & Iverson, I.L.K. 1971. Food habit of albacore, bluefin tuna and bonito in California Waters. Fish Bull., 152: 1-105.

Gotelli, N.J. & Ellison, A.M. 2011. Princpios de estatstica em Ecologia. Porto Alegre: Artmed. 528p.

See Also:

Para informaes complementares, ver: vegdist {vegan}, hclust {stats}, rect.hclust {stats}.

Examples:

Como exemplo, usar a planilha alimentao.csv: read.table ("alimentao.csv, header=TRUE, sep=,).
